V teh dveh stoletjih je v samostanu živelo in delovalo okrog 11 patrov in 10 redovnih bratov.
V tem času so ustanovili in pomagali voditi 12 različnih šol. V samostanu so imeli tudi šolo za svoje redovne kandidate in glasbeni oddelek.
V arhivu samostana je zapisano, da so bile v cerkvi odlične orgle, ki sta jih leta 1535 postavila brata Vincentini. Samostan ima tudi precej glasbene literature, iz katere je razvidno, da so izvajali tudi maše z orkestri.
Zgodovinarji samostana (Trani, Granić in Frasson) pišejo, da je Giuseppe Tartini pridobil osnovno glasbeno izobrazbo v samostanu sv. Frančiška, kjer naj bi mu starši po letu 1700 najeli celo sobo. Stara samostanska knjižnica hrani številne knjige že vse od leta 1480.
Od leta 1301 do danes je iz samostana izšlo nekaj škofov, 12 provincialov, nekaj znanstvenikov in veliko odličnih pridigarjev, ki so ponesli slavo samostana in Pirana v svet.
Bratje minoriti so svoje poslanstvo v samostanu opravljali vse do leta 1954, ko je bil v celoti nacionaliziran. Novo obdobje je dočakal s samostojno slovensko državo, ko je bil leta 1996 z denacionalizacijo vrnjen bratom, ki so takoj začeli z njegovo vsestransko obnovo, ki je samostanu vrnila prvotno namembnost, prostorsko harmoničnost in arhitekturno skladnost. Leta 2001 je samostan slovesno obhajal 700-letnico.
Križni hodnik je bil tako v zgodovini kot tudi danes stičišče duhovnega in kulturnega življenja samostana in mesta.
Na mestu sedanjega, zgodnje baročnega križnega hodnika, je nekoč stal stari gotski križni hodnik. O njem pričata le še dve ohranjeni gotski bifori, ki sta vidni iz hodnika oziroma pinakoteke. Prvo poročilo o delu v križnem hodniku je iz leta 1676, ko so začeli s popravilom tlaka pred notranjimi vrati samostana. To delo je plačala družina Pitacco, ki je istega leta dobila v dar grobnico v cerkvi.
Leta 1694 so postavili monumentalni vhod v križni hodnik, ki je obenem portal samostana. Gvardijan je bil takrat odlični organizator in umetnik p. Gian Domenico Furian. Večja dela so nadaljevali leta 1698, ko so samostan dvignili za eno nadstropje in začeli pripravljati kamnite elemente za celotni križni hodnik.
Leta 1705 so bratje na občino poslali pisno prošnjo za denarno pomoč, da bi dokončali delo v novem križnem hodniku. Največ zaslug pri tem delu in povečavi samostana je imel mag. Silvester Apollonio. Tako pravi kamnita plošča iz leta 1722, ki je vzidana v zakristiji. Vsa ta dela v križnem hodniku so bila končana šele leta 1735. Vodnjak je bil končan proti koncu 18. stoletja.
Samostanski križni hodnik sv. Frančiška je po mnenju strokovnjakov eno najbolj akustičnih prizorišč v Sloveniji, kjer že vrsto let (posebej v poletnem času) potekajo mnoge vrhunske glasbene prireditve. Iz križnega hodnika je vhod v samostansko pinakoteko, v kateri so shranjena najdragocenejša platna mojstra Lazzarinija in drugih slikarjev.
Iz križnega hodnika je vhod v obnovljeni stari samostanski refektorij (obednico), kjer je možen ogled multivizijskih programov o zgodovini samostana in o lepotah Pirana.
Ob 300-letnici rojstva Giuseppa Tartinija so v samostanu med arhivskim gradivom našli načrt starih grobnic, med katerimi je bila tudi grobnica družine Tartini. Najdbo potrjuje še druga listina, ki pravi, da so bratje minoriti izbrali očeta slavnega violinista, Giovannija Antonia Tartinija, za dobrotnika samostana in mu v znak hvaležnosti zaradi povezanosti s samostanom dodelili grobnico v cerkvi, ki je bila do tedaj last družine Petronio. To se je zgodilo 25. maja 1699. Družina Tartini grobnice nikoli ni označila s svojim imenom. Odprta je bila 12. marca 1992 in potrjeno je, da so v grobnici ostanki devetih članov družine Tartini. Istega leta je samostan dal na grobnico vklesati napis v latinščini.
Danes v samostanu živi šest bratov. Upravljajo samostansko cerkev, nudijo duhovno oskrbo FSR, pastoralno pomagajo na župnijah, vodijo ljudske misijone, duhovne vaje in obnove. Od leta 2002 je v tem samostanu tudi noviciat Slovenske minoritske province.
Cerkev sv. Frančiška
Ob minoritskem samostanu stoji cerkev sv. Frančiška. Pred njo se razprostira manjši trg, kjer je bilo nekdaj pokopališče.
Manjši bratje minoriti so začeli graditi cerkev sv. Frančiška v Piranu leta 1301 in končali leta 1318, ko je bila tudi posvečena. To potrjuje napis na desni stani pročelja cerkve. V Piranu je bil takrat župan Mafeo Manolesso, ki je pomagal pri gradnji cerkve in samostana. Arhitekt gradnje bi naj bil po domnevah Jacopo da Pola. Sledovi stila v obdobju, v katerem je cerkev nastala, se kljub številnim predelavam kažejo v prezbiteriju.
Na vzhodni strani cerkve se dviga 30 m visok zvonik, desno od cerkvenega pročelja pa je glavni vhod v minoritski samostan.
Cerkev sv. Frančiška v Piranu se nam danes kaže v baročni podobi, kakršno je dobila v 18. in 19. stoletju, vendar se pod sedanjo preobleko še skriva prvotna gotska stavba. V njej je danes poleg glavnega (1787) še pet oltarjev.
Najbogatejši pa tudi najlepši je oltar sv. Antona Padovanskega. Poseben čar daje celotnemu prostoru Carpaccieva renesančna edikula. Pod tlakom cerkve je 32 grobnic, med njimi tudi grobnica družine Tartini.
Cerkvene orgle imajo skoraj 500-letno zgodovino.
V cerkvi je veliko dragocenih slik znanih mojstrov, kot npr. Lazzarinija in raznih slikarjev beneških delavnic. Najpomembnejše likovno delo, Marija z vsemi svetniki, ki ga je naslikal Vittore Carpaccio leta 1518, je do leta 1940, ko je bilo odpeljano v Italijo, krasilo edikulo. Cerkev sv. Frančiška se ponaša s pravcato galerijo slik iz 17. in 18. stoletja. Najpomembnejše so Zadnja večerja, sliki papežev Aleksandra V. in Jurija II., Sv. Magdalena, Sv. J. Krstnik, Sv. Peter in Sv. Pavel ter Samarijanka ob vodnjaku.
Za glavnim oltarjem je redovniški molitveni kor iz orehovega lesa iz leta 1736.
Samostanska cerkev je bila v celoti obnovljena v letih 1987-2001.
Križni hodnik
Ob cerkvi sv. Frančiška stoji minoritski samostan z lepo oblikovanim notranjim dvoriščem, t. i. križnim hodnikom, ki predstavlja eno najlepših atrijskih arhitektur na Primorskem. Vanj vodi polkrožno zaključen portal z bogato obdelanima kamnitima stebroma, ki nosita arhitrav z napisom in grbi.
V celoti in v posameznostih velja za najkvalitetnejše kamnoseško delo s konca 17. stoletja v Piranu. Zaradi akustike in lepega prostora je križni hodnik že desetletja prizorišče Piranskih glasbenih večerov.
Pinakoteka
V pritličju samostana je od leta 1997 za javnost odprta pinakoteka, ki obsega zbirko štirinajstih kakovostnih likovnih del, v glavnem neznanih beneških avtorjev, ki so nekdaj krasila samostan in cerkev.
Pinakoteko si v poletnem času lahko ogledate vsak dan med 9. in 12. ter med 17. in 20. uro. Izven sezone je ogled mogoč po dogovoru.
Vir:
https://www.google.si/webhp?sourceid=chrome-instant&ion=1&espv=2&ie=UTF-8#q=Minoritski+samostan+sv.+Fran%C4%8Di%C5%A1ka%2C+Piran