Zaliv sv. Jerneja je izjemno plitek in muljevit, kjer voda ne presega globine treh metrov. Vanj se steka potok sv. Jerneja in več manjših potočkov, ki vplivajo na brakičnost in obliko plitvine.
V zalivu se prepletajo različna življenjska okolja, od muljastih in peščenih polojev, morskih travnikov na globini od 1 do 3 metrov, do sestojev obmorske vegetacije s številnimi ogroženimi vrstami, kot so metličje, ostro ločje, deljeni in ostroluski šaš.
Morje na obalo počasi naplavlja odtrgane liste morske trave, s čimer ustvarja veliko blazino iz odmrlih trav, globoko tudi do 50 m. Intenzivne procese dekompozicije v stelji iz morskih trav opravljajo drobne skupine rakov, kot so postranice in raki enakonožci, s katerimi se prehranjujejo ptice, imenovane pobrežniki.
Obrežno močvirje sv. Jerneja je naravna vrednota, ki prav tako spada pod območje Nature 2000.
